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Bit, byte e la biologia: cosa gli algoritmi evolutivi (non) ci dicono
Eric Anderson (da www.evolutiondebate.info)  

Documento Originale

Riassunto

Lungi dal costituire una critica solida all'irriducibile complessità, l'algoritmo evolutivo Avida è uno sforzo vano con poca rilevanza per il mondo biologico. Nel loro intento di provare la storia della creazione Darwiniana, agli sviluppatori di Avida sembra ovvio, o convenientemente ignorano, il fatto di aver incorporato come premesse le stesse conclusioni che cercano di provare. Tali sforzi sono perlomeno fuorvianti, alla peggio controproducenti. Ironicamente, la maggiore mole di dati ottenuta dai ricercatori di Avida che non sia basata su assunzioni evolutive circolari, dopo attenta ispezione, convalida piuttosto che refutare la nozione dell'irriducibile complessità di Behe.

La simulazione al computer è diventata un aspetto sempre più importante della moderna ricerca scientifica. Dai primi modelli del sistema solare alle più complicate (e ancora relativamente affidabili) simulazioni meteorologiche, gli scienziati si affidano ai programmi di computer come strumenti potenti per comprendere e predire il mondo naturale che ci circonda. Le simulazioni al computer permettono ai ricercatori di verificare a basso costo, velocemente e ripetutamente le predizioni e i modelli. Sfortunatamente il vecchio adagio "se entrano dati sballati escono dati sballati" conserva il suo valore, e creare modelli accurati, specialmente di sistemi complessi, resta notoriamente difficile.

I biologi evolutivi, non volendo restare fuori dal gioco hanno riunito le loro conoscenze nel campo della fisica e della chimica per preparare programmi per computer che tentano di simulare l'evoluzione biologica. Tali programmi, o "algoritmi evolutivi", come li chiamano, sono stati sulla scena per qualche tempo e occasionalmente generano risultati interessanti. Fra quello che gli entusiasti biologi evolutivi dicono che i dati mostrano e cosa i dati effettivamente provano, comunque, spesso ci sono kilometri, dove solo l'incrollabile fede nel meccanismo evolutivo è in grado di colmare l'abisso tra fatti e proclami.

Avida

Uno degli algoritmi evolutivi più discussi recentemente è stato il programma Avida.[1] I ricercatori di Avida hanno descritto i loro risultati nel numero di maggio 2003 di "Nature", in un articolo intitolato "The Evolutionary Origin of Complex Features". Gli autori nominati dello studio sono Richard Lenski, Charles Ofria, Robert Pennock e Christoph Adami.

La pubblicazione della ricerca Avida era proprio ciò che ci voleva per i teorici evoluzionari, ai quali ancora bruciava la pubblicazione alcuni anni prima da parte di Michael Behe di "Darwin's Black Box", e il recente video ducumentario "Unlocking the Mistery of Life". Nel criticare "Unlocking the Mistery of Life", sul sito web smaccatamente pro-evoluzione del NCSE, Andreat Bottaro proclamava trionfante che Avida aveva "inferto un colpo mortale [alla irriducibile complessità] nella prestigiosa rivista scientifica Nature."[2]

Inoltre, nell'introduzione dell'articolo Avida, è detto che Avida dimostra "come funzioni complesse possano essere generate da mutazioni casuali e selezione naturale". In effetti, nel leggere l'articolo Avida, il profano potrebbe essere impressionato dai risultati ammassati a supporto dell'ipotesi evoluzionaria.

Lo scettico che riflette, comunque, non è convinto così facilmente, e potrebbe rifiutarsi di pensare che mettere insieme quello che dopotutto è un programma per computer piuttosto semplice possa univocamente confermare la verità di Darwin delle "piccole successive variazioni" e della selezione naturale. Una quantità di gente ha contestato l'accuratezza dell'algoritmo di Avida e la sua applicabilità alla vita effettiva[3], mentre altri hanno messo in dubbio i suoi presupposti.[4] Nondimeno gli autori di Avida sono convinti di aver provato l'essenziale della teoria di Darwin[5] e continuano con le loro ottimistiche affermazioni.

Lo scopo di questo mio breve articolo non è di contestare l'accuratezza dell'algoritmo di Avida a livello computazionale, ne di cavillare sul numero di "organismi" digitali impiegati in ogni generazione, i tipi di ambiente nei quali operano e così via, sebbene è indubbio che possano sollevarsi obiezioni anche a questi riguardi. Piuttosto, il mio scopo è di analizzare esplicitamente la logica soggiacente usata dai ricercatori.

Una volta che astraiamo dalla retorica ivi contenuta e applichiamo ad Avida i principi elementari della logica, vedremo che non solo Avida non scaglia un "colpo mortale" al concetto di irriducibile complessità, ma Avida è logicamente incapace di opporsi all' irriducibile complessità.[6] Mentre ovviamente non facciamo una colpa ai ricercatori per aver lavorato su algoritmi come Avida (tutti sono liberi di dilettarsi con i programmi per computer), l'errore degli autori nel valutare le loro assunzioni di base, unito all'entusiasmo nel credere di aver provato la teoria di Darwin, li porta a delle conclusioni che non solo sono smentite dai dati, ma sono al limite della falsità.

Antefatto

Gli autori cominciano col dichiarare la loro fede nell'evoluzione Darwiniana dicendo: "La teoria dell'evoluzione di Charles Darwin, inclusa l'ipotesi annessa della discendenza con modificazioni e adattamento per selezione naturale, è largamente considerata come una delle più grandi scoperte scientifiche di tutti i tempi". Mentre tali apprezzamenti possono indurre l'osservatore attento a dubitare dell'imparzialità degli autori nel valutare i meriti della teoria di Darwin, non c'è dubbio che essi aiutino ad accellerare gli articoli nel processo di recensione di "Nature".[7]

Gli autori scrivono che il loro scopo principale e determinare se caratteristiche complesse possono evolvere tramite un processo di mutazione e selezione. Essenzialmente essi cercano di confutare il concetto di irriducibile complessità che è stato divulgato da Michael Behe nel suo best-seller del 1996 "Darwin's Black Box". Esaminiamo ora come gli autori arrivano a concludere che il loro programma evoluzionario confuta la nozione di irriducibile complessità.

Nel creare Avida i ricercatori hanno impostato un sistema di operatori funzionali che funzionano come caratteristiche di "fitness" [idoneità]. Mettendo in atto certi operatori funzionali gli "organismi" sono ricompensati con energia addizionale, che permette loro - secondo l'usuale dottrina Neo-Darwiniana - di riprodurso più velocemente, che, salvo prova contraria, è per i Neo-Darwinisti il grando e ultimo scopo di tutte le creature biologiche.

Gli autori fanno un uso libero della terminologia biologica nel descrivere il loro programma per computer, considerando i registri e gli stacks virtuali della CPU come "organismi", gli insiemi di istruzioni [instructions set] come "genomi", gli organismi risultanti come "fenotipi", e i vari insiemi di parametri premio come differenti "ambienti" selettivi. Sebbene tale terminologia possa essere giustificata dal fatto che gli autori vogliono simulare i sistemi biologici, ci sarebbe da chiedersi quanto i risultati di Avida sarebbero applicabili alla biologia senza tutta quella terminologia biologica.

Tesi evolutive

Premesso questo, esaminiamo i presupposti chiave introdotti in Avida:[8]

  1. C'è un cammino cumulativo alla complessità

Avida è stato programmato come se un cammino cumulativo di piccoli passi successivi diretto alla funzione complessa bersaglio esistesse. In altre parole i ricercatori hanno presupposto che la caratteristica complessa di arrivo non fosse irriducibilmente complessa, e hanno scritto il loro programma in modo tale da garantire che essa non lo fosse, prima ancora di lanciare la simulazione. Quindi, è altamente sconcertante che gli autori dicano che Avida dimostra che sistemi complessi non sono irriducibilmente complessi.

Ciò che è stupefacente è che gli autori stessi sono consci del loro ragionamento circolare, nel mentre che lo smentiscono allegramente. [9] Nella sezione dedicata alla discussione finale essi affermano: "Alcuni lettori possono pensare che ‘trucchiamo il mazzo di carte' nello studio dell'evoluzione di caratteristiche complesse che possono derivare da funzioni utili più semplici. E` proprio quello che la teoria evolutiva richiede ...". Cosa? E` come dire "abbiamo adottato come premessa proprio la conclusione a cui cerchiamo di arrivare". Nella loro logica Darwiniana distorta ai ricercatori sembra ovvio che il loro ragionamento circolare invalidi del tutto la loro conclusione e lo mettono candidamente da parte come fosse un tecnicismo trascurabile. Come minimo un approccio del genere dimostra un giudizio inaffidabile, al peggio costituisce un auto-inganno.

Dovrei aggiungere che d'altra parte, se un programma fosse scritto in modo da non comportare un cammino cumulativo, chi l'ha scritto potrebbe essere accusato di presupporre l'irriducibilità della caratteristica complessa. Quindi gli algoritmi evolutivi stanno fra due fuochi: assumere il cammino cumulativo e quindi non poter confutare l'irriducibile complessità; oppure assumere che non ci sia cammino cumulativo e allora non poter sostenere l'irriducibile complessità. Il nocciolo del problema sta qui. Gli algoritmi evolutivi, che presuppongano o no il cammino cumulativo, semplicemente non possono, per definizione, dimostrare se un sistema complesso lo è in modo irriducibile. Essi sono del tutto irrilevanti allo scopo. Il solo modo di dimostrare la verosimiglianza di un cammino evolutivo verso un sistema complesso è di introdurre i parametri biologici genetici ed epigenetici. Ciò purtroppo oggi supera le attuali capacità, ma forse un giorno sarà alla nostra portata. Nel frattempo faremmo bene a diffidare di qualsiasi risultato gli algoritmi evolutivi mettano sul tavolo.

  1. Relativamente poche variazioni sono richieste per andare dall'organismo iniziale alla caratteristica complessa.

Questa è più una dato di fatto che un problema logico, tuttavia sfida la nostra credulità. Si vuole farci credere che la distanza fra, diciamo, il sistema secretorio[10] tipo III di Miller e il flagellum dei batteri è piccola, o che la formazione dell'occhio dei mammiferi è complesso soltanto come l'istruzione EQU[11] degli autori? Invero gli autori non lo dicono esplicitamente, ma nel loro articolo essi parlano di caratteristiche "complesse", e molta gente che si interessa all'attuale dibattito sull'evoluzione intende "realmente complesse", del tipo dell'occhio dei mammiferi o del flagellum dei batteri. A nessuno interessa se la funzione EQU può evolvere, ma se possono farlo funzioni biologiche complesse. Affermando che caratteristiche complesse possono evolvere in modo Darwiniano, gli autori, se non esplicitamente, implicitamente vogliono far credere che i loro risultati possono applicarsi a veri sistemi biologici complessi, come il flagellum dei batteri o l'occhio dei mammiferi. Secondo me l'istruzione EQU degli autori comporta solo un'adattamento minore piuttosto che un vero cambiamento evolutivo.

  1. Ci sono intervalli di fitness regolari e ravvicinati nel cammino fra una funzione e l'altra

Questo presupposto si basa su una visuale piuttosto semplicistica dello scenario di fitness. Per Darwin lo scenario di fitness era essenzialmente piatto, con "piccole successive variazioni" conducenti lentamente, quasi impercettibilmente, a nuovi organismi posti su un terreno pianeggiante. Ricerche recenti suggeriscono che il panorama di fitness sembra più una vasta valle, nella quale sono posti altopiani che rappresentano gli organismi funzionali. La distanza fra questi altopiani raramente è insignificante e dipende da una quantità di fattori, non l'ultimo dei quali è il fatto che molti sistemi biologici in un organismo sonostrettamente interconnessi ed altamente interdipendenti. Per cui non basta alterare semplicemente un gene qui o una proteina là per raggiungere un nuovo piano di fitness. La regola è che sono necessari cambiamenti globali, con una miriade di cambiamenti architetturali a numerosi livelli. Avida invece va allegramente da un piano all'altro, con le variazioni nella fitness richiedenti solo una piccola mutazione qui o una o due ritoccatine là. Quindi, non solo lo scenario di fitness dei ricercatori non rappresenta la realtà biologica, ma in effetti sposta i risultati verso il vero obiettivo che essi cercano di ottenere: andare da un piano all'altro in modo diretto e relativamente semplice.

  1. Le tappe intermedie danno un vantaggio funzionale

I ricercatori Avida danno per scontato dall'inizio che tra le funzioni intermedie ci sia un incremento favorevole pressochè continuo, malgrado ciò sia lungi dall'essere vero nel caso del mondo reale. Gran parte della critica all'evoluzionismo basata sull'irriducibile complessità afferma che ben difficilmente c'è un vantaggio funzionale nelle tappe intermedie. Cosa serve una cornea senza una lente? Cosa servono una cornea e una lente senza una retina? Cosa servono codeste tre senza un sistema nervoso estremamente complesso e interconnesso che porti l'informazione al cervello? Queste sono le questioni chiave nel dibattito sull'irriducibile complessità, che gli autori di Avida semplicemente non affrontano.

I ricercatori sono stati quindi in grado do ottenere la funzione EQU in ambiente dove "uno o due funzioni più semplici non erano premiate".[12] Come risultato, i ricercatori concludono che "ne una particolare funzione più semplice ne una combinazione di due funzioni era richiesta" per generare l'EQU.[13]

Se di primo acchito questa affermazione può sembrare indicare qualche meccanismo evolutivo inspiegato, dopo attenta analisi appare essere più un artifizio di programmazione che una scoperta circa il mondo naturale. In altre parole, il percorso cumulativo di Avida all'EQU è sufficientemente elastico da permettere ad una funzione non premiata di essere preservata finchè l'organismo è così fortunato da mutuare un ulteriore funzione premiata e ritornare in lizza in vista dell'EQU. Certo non si può escludere che qualche mutazione neutrale in natura rimanga "sospesa" fino a trovare una sistemazione in una funzione complessa, ma simile approccio ci porta ben distante dalla modalità "piccole successive mutazioni preservate dalla selezione naturale" in quanto si basa sul puro caso. Quindi questa eventualità non conforta gli autori nel dimostrare un cammino cumulativo, e quindi non è più considerata nell'articolo di Avida.

Come detto in seguito, nei casi limite in cui non si verificano premi intermedi, le popolazioni non sono in grado di convergere nell'EQU. Quindi, sebbene la programmazione di Avida sia sufficientemente versatile da permettere alle popolazioni di conservare una occasionale mutazione neutra, in generale un graduale cammino incentivato appare critico per l'abilità dei ricercatori di generare l'EQU.

  1. Ogni vantaggio funzionale è subito premiato

Anche se in teoria c'è un vantaggio funzionale, la natura non opera come un infallibile programma di computer, dispensando premi ad ogni stadio. Sebbene una particolare variazione possa costituire oggettivamente un vantaggio funzionale, non è per niente scontato che tale variazione venga effettivamente incorporata nella popolazione. Le sfide della riproduzione, le numerose bizzarrie e fatalità della natura, diminuiscono la probabilità di ogni particolare variazione direzionale. Inoltre, un cambiamento favorevole in un senso può essere deleterio in un altro. La strettissima interconnessione dei sistemi biologici di un organismo rende l'incorporazione di un particolare cambiamento nell'insieme una sfida non indifferente.

Uno potrebbe sostenere che nonostante queste difficoltà pratiche, si stia parlando proprio di vantaggi funzionali che hanno già superato le difficoltà della natura e sono stati incorporati con successo nell'organismo, e che per questo il presupposto di Avida sia appropriato. Ma ciò è illogico. Infatti non è per niente scontato che un particolare vantaggio funzionale preso isolatamente sia in grado di integrarsi con successo nell'insieme dell'organismo. I ricercatori Avida invece danno per certo che esso si integrerà perfettamente, stabilendo di nuovo come presupposto ciò che si tratta di dimostrare. Ciò che è necessario è un'analisi effettiva per sapere se un vantaggio funzionale isolato possa effettivamente contribuire alla fitness complessiva, non un'assunzione preventiva che esso lo fa.

  1. I benefici aumentano esponenzialmente con la difficoltà di ogni funzione

In altre parole, ogni tappa vicina alla complessità-scopo (ma non ha senso parlare di "scopo" in un meccanismo evolutivo!) è premiata in modo da rendere tale tappa più vantaggiosa delle altre precedenti. Nessuno mette in dubbio che una funzione complessa completamente sviluppata che sia stata integrata con successo in un organismo come detto prima possa costituire un vantaggio per la sopravvivenza. Ma costruire e integrare la caratteristica complessa è proprio la questione che viene messa in dubbio. In natura, una creatura che ha sviluppato una cornea ed una lente è "esponenzialmente" premiata nell'"obiettivo" di produrre un occhio rispetto ad una creatura che ha solo sviluppato una cornea, se entrambe non hanno una retina. Ovviamente no.

Cosa gli autori di Avida hanno fatto è infilare un obiettivo, un progetto se volete, dalla porta di servizio. Invece di lasciare liberi gli organismi di brancolare verso il sistema complesso indefinito in un ambiente realistico, i ricercatori hanno accuratamente predeterminato uno specifico obiettivo, indi hanno incessantemente spronato la popolazione a salire il Monte Improbabile [simbolo dell'evoluzione]. Questo non è il risultato imparziale di una simulazione del mondo reale. E` il risultato di presupporre che ogni tappa lungo la strada verso l'obiettivo abbia un vantaggio crescente. Purtroppo da questo punto di vista Avida è poco di più che una versione sofisticata del programma screditato di Dawkins "methinks it is a weasel", o delle sue biologicamente problematiche pensate circa il 5 o 6% di un occhio...

Risultati di Avida

Dopo aver cablato fin dall'inizio nel programma Avida le conclusioni desiderate, i ricercatori candidamente annunciano di aver provato che una via cumulativa ai sistemi complessi esiste. Spiacenti di disilluderli, ma le assunzioni discusse sopra sono precisamente le questioni chiave nel dibattito sulla irreducibile complessità. Quel che i ricercatori Avida hanno fatto è di presupporre come validi tutte le tesi evoluzionarie al riguardo. Detto altrimenti, se presupponiamo che l'evoluzione Darwiniana sia vera, allora possiamo dimostrare che lo è. Non è un gran risultato.

Ma, direte, ci sarà almeno qualcosa di buono nello studio Avida. Si, onestamente, c'è un particolare pezzo di informazione che trovo interessante. Come discusso prima, mentre gli autori sono stati in grado di convincere gli organismi a sviluppare la funzione finale quando  una o due funzioni più semplici non erano premiate, in 50 popolazioni dove solo la funzione EQU definitiva era premiata, nessuna di queste popolazioni evolveva la funzione definitiva. Gli autori notano questo interessante fatto, ma erroneamente credono o che questo dato sia una nota collaterale inconsequenziale oppure che sia "previsto" dalla teoria evolutiva.

Invece, quello che questo dato in effetti dimostra è che persino se c'è una via graduale garantita verso una funzione complessa, a meno che ogni tappa, o almeno la stragrande maggioranza delle tappe, lungo la via siano opportunamente premiate in modo da pilotare gli organismi verso lo scopo finale, non c'è da aspettarsi che la caratteristica complessa possa sorgere nella popolazione. In altri termini, oltre al cammino graduale garantito, è necessario avere un meccanismo uniforme di premi a intervalli regolari che anticipi l'obiettivo finale. Questa "preveggenza" non  qualcosa che l'evoluzione Darwiniana contempli anche solo in linea di principio.

Ma questo non è precisamente uno degli argomenti di Behe? Il ragionamento di Behe nel considerare il flagellum o l'occhio dei mammiferi come sfide all'evoluzione Darwiniana è proprio che è improbabile che ci siano "premi" per una lunga catena di funzioni intermedie. Conviene ripeterlo, cosa serve uan cornea senza lente? Cosa servono una cornea e una lente senza una retina? In molti sistemi biologici complessi non si vede che vantaggio funzionale abbiano delle parti del sistema prese a se stanti nei confronti dell'organismo. E sfida il buon senso dire che l'organismo sarebbe premiato "esponenzialmente" per esercitare la sua precognizione nell'accumulo di ogni parte finchè il sistema finale si assembli insieme.

Conclusione

L'algoritmo evolutivo Avida, come la maggior parte degli algoritmi evolutivi, fallisce clamorosamente nel provare le idee evoluzionarie Darwiniane al riguardo dello sviluppo di funzioni biologiche complesse. Oltre a vari interrogativi circa la sua rilevanza per l'attuale biologia, Avida fallisce per questioni di logica nel confutare il concetto di irriducibile complessità. Nel tentativo di mostrare come caratteristiche complesse possano originarsi per mutazioni casuali e selezione naturale, gli autori hanno incorporato come premesse tutte le principali conclusioni che hanno tentato di dimostrare. Tali sforzi sono al massimo un esercizio inutile, al peggio un auto-inganno. Simili lavori in futuro potrebbero tutt'al più essere proposti ad una rivista di programmazione per dilettanti, ma hanno poca rilevanza per l'origine e lo sviluppo della vita sulla Terra.

Ironicamente, il principale risultato ottenuto dai ricercatori, non direttamente dipendente  da presupposizioni evolutive, è che una caratteristica complessa (anche una relativamente modesta in questo caso) non è probabile che evolva a meno che ci sia un aiuto a intervalli regolari lungo il cammino. Affinchè le numerose caratteristiche complesse del mondo biologico richiedenti che tutte le parti siano al loro posto per avere un vantaggio funzionale, l'ipotesi di Darwin della selezione naturale basata sugli incentivi non è di nessun aiuto, e siamo quindi lasciati alla merce' del puro caso e delle probabilità statistiche. Al riguardo i risultati di Avida sottolineano l'improbabilità di una popolazione che "barcolli" verso una funzione complessa. Quindi, i dati oggettivi che derivano da Avida confermano, invece di confutare, la nozione di Behe di irriducibile complessità.

In futuro, Behe e gli altri sostenitori della irriducibile complessità possono citare gli studi di Avida a loro sostegno!


[1] Lenski, et al., "The Evolutionary Origin of Complex Features", Nature 423, May 8, 2003, pp.139-44.

[2] Ho fornito una risposta dettagliata alla critica del NCSE verso "Unlocking the Mistery of Life" nel mio website intitolata "No mistery in the NCSE", scaricabile da http://www.evolutiondebate.info/No_Mistery_in_the_NCSE.html . Salvo avviso contrario, l'NCSE non ha mai fornito una significativa critica scientifica agli argomenti sollevati in "Unlocking the Mistery of Life".

[3] Vedi, per esempio, la discussione online intitolata "Evaluation of Neo-Darwinian Theory with Avida Simulations" nel sito web della International Society for Information, Complexity and Design (ISCID), scaricabile da http://www.iscid.org/boards/ubb-get_topic-f-6-t-000532-p-3.html .

[4] Vedi, per esempio, le osservazioni di William Dembski,s su Avida in "The Mith of Darwinism", Introduction to "Uncommon Dissent", ISI Books, Wilmington, Delaware, 2004, p. xxix.

[5] "I nostri esperimenti dimostrano la validità dell'ipotesi, per primo articolata da Darwin ... che caratteristiche complesse in generale evolvono per modifica di strutture e funzioni esistenti". Lenski, et al., p.143.

[6] L'"irriducibile complessità" usata qui è quella inizialmente proposta da Behe e ridefinita da Dembski, e vuol dire che non c'è un cammino cumulativo che porti a tale complessità. Ho mostrato nel mio articolo "Irreducible Complexity Reduced, An Integrated Approach to the Complexity Space" (vedi www.evolutiondebate.info) che questo non è un requisito logico al concetto di irriducibile complessità, e io chiamo l'approccio di Behe e Dembski "irriducibile complessità di per se stessa". Avida cerca di smentire codesta e ciò è sufficiente per quel che importa qui.

[7] Date simili dichiarazioni della fede evoluzionaria, sono stupito della loro sorprendente somiglianza con i processi di recensione delle pubblicazioni nell'era dei Soviet. Uno dei trucchi per essere pubblicati nell'allora Unione Sovietica era di dedicare un posto nell'articolo ad omaggi verso Stalin o Lenin, oppure a dichiarazioni di fede nel regime comunista. Tali lodi erano, di norma, quasi sempre irrilevanti all'argomento in oggetto ed occasionalmente anche disdicevoli accademichamente, ma erano oltremodo utili alla pubblicazione attraverso la censora Sovietica.

[8] Trascuro per ora i pochi parametri biologici di Avida riguardanti la dimensione della popolazione, la frequenza di mutazione, gli effetti deleteri, ecc. Ognuno di tali parametri è stato oggetto di critica, ma per il mio scopo, mi focalizzerò sulle assunzioni logiche.

[9] Avendo acquistato per altre ragioni "Uncommon Dissent" sono stati contento di vedere che Dembski è arrivato alla stessa conclusione riguardo la circolarità implicita in Avida. Vedi il riferimento nella nota 4.

[10] So che il sistema secretorio tipo III non si è probabilmente evoluto nel flagellum dei batteri (vedi, per esempio, Scott A. Minnich & Stephen C. Meyer, "Genetic Analysis of Coordinate Flagellar and Type III Regulatory Circuits in Pathogenic Bacteria", Second International Conference on Design & Nature, Rhodes Greece, 1 settembre 2004, da http://www.discovery.org/scripts/viewDB/filesDB-download.php?id=148. Comunque, lo cito perchè questo sistema continua ad essere l'esempio preferito dai sostenitori dell'evoluzione come Kenneth Miller.

[11] L'istruzione EQU è quella a livello più complesso di Avida.

[12] Lenski, et al., p.143.

[13] Ibid.